К исполнению обязанностей Министра Ю.К. Шафраник приступил 1 февраля 1993 года.

Это был очень сложный, совершенно новый период в развитии России с точки зрения экономики, политики, структурной перестройки и социальной обстановки. Резко менялись формы хозяйствования, формы собственности. Иногда отрицались те принципы и механизмы, которые давно и успешно используют страны с развитой рыночной экономикой.

Время работы Ю.К. Шафраника министром  было переходным периодом от фактически одного экономического уклада к другому. Из огромных монстров  ̶  советских министерств, которые были политическими и хозяйственными органами, можно было либо пойти по пути развала (вплоть до самостоятельности цеха), либо строить принципиально новый, отвечающий требованиям времени орган федерального управления.

Министерству топлива и энергетики, команде Шафраника удалось выработать новые подходы, обеспечить разработку новой энергетической политики России, которая была утверждена постановлениями Правительства и Указами Президента. Именно Новая энергетическая политика стала тем нормативным документом, который определил рамки и направления, создал основу для реформирования всех отраслей ТЭК.

Ядром реформирования были платность недропользования, создание вертикально-интегрированных компаний как основы структуры отраслей, адаптация методов хозяйствования и механизмов управления к тем экономическими моделями, которые в то время реализовывались в государстве.

Прошедшее время показало, что по всем основным отраслям ТЭК  ̶ электроэнергетика, газ, нефть, уголь (как наиболее тяжелая социально) и др. были приняты эффективные и результативные решения. Именно эти решения во многом обеспечили к концу 90-х  ̶  началу 2000-х рост основных показателей, объемов добычи и производства, радикальное снятие социальной напряженности в этих отраслях и регионах.

Такие масштабные процессы реформирования требовали проведения огромной работы по нормативно-правовому обеспечению. Эта работа была сделана и велась через межведомственные комиссии, которые возглавлял Шафраник, через Государственную Думу и Совет Федерации. Безусловно, наличие у Юрия Константиновича статуса российского сенатора, избранного прямым голосованием от Ханты-Мансийского автономного округа, позволило ему создать значительную правовую поддержку новым законам на всех уровнях государственной власти. Принятые законы, постановления, указы и другие нормативные акты обеспечили необходимое правовое поле и задел для деятельности компаний во всех отраслях ТЭК на многие годы.

По прошествии времени видно, что это дало позитивный результат. Ю.К. Шафраник как Министр определял следующие направления реформирования:
- правовое обеспечение, позволяющее компаниям и предприятиям отраслей независимо от формы собственности работать в рыночных условиях и в рыночном поле  ̶  как в стране, так и за рубежом.
- создание в новых экономических условиях новых собственников и новой собственности.
- приватизация бывшей государственной собственности.

Шафраник четко различает два отдельных направления: приватизация и реформирование отраслей ТЭК. Именно такой подход он отстаивает в Правительстве при решении важнейших вопросов российской энергетики.
Деятельность по приватизации предприятий ТЭК потребовала огромной подготовительной аналитической работы, целого механизма согласительных процедур с предприятиями, территориями, федеральными министерствами и ведомствами. На заключительном этапе предложения в Правительство вносила специальная межведомственная комиссия, которую возглавлял Ю.К. Шафраник.

Наряду с успехами были и издержки, вызванные революционностью и радикальностью реформ. Но главное, что была выработана новая политика.  Время показало, что она не отрицается жизнью. Более того,  реформирование, проведенное в отраслях, позволило новым компаниям выжить в бурный период формирования рыночных условий,  возросла и их адаптация к западной экономике.

Шафраник неоднократно обосновывал необходимость создания привлекательного для западных инвесторов инвестиционного климата на предприятиях ТЭК и подготовки новых масштабных проектов. При его непосредственном участии был подготовлен и начал реализовываться проект по строительству Каспийского трубопроводного консорциума (КТК). Долгие годы он был председателем Совета директоров КТК. Проектами, которые осуществили своеобразный инвестиционный прорыв в российский ТЭК, стали Балтийская трубопроводная система, освоение Тимано-Печорской нефтяной провинции, «Сахалин-1» и «Сахалин-2». Причем ряд этих мирового уровня проектов мог быть начат только на условиях действия соглашений о разделе продукции.

Проект Закона о СРП давно был внесен в Государственную Думу, но лежал там без движения. Шафраник установил тесное взаимодействие с соответствующими комитетами Государственной Думы, а затем и Совета Федерации и в короткие сроки сумел убедить депутатов в важности и необходимости принятия Закона. Закон шел тяжело, с противодействием и обвинениями со стороны ряда политических сил в «продаже Родины», с многочисленными, порой взаимоисключающими, поправками. Была создана специальная согласительная комиссия, сопредседателем которой был Шафраник. В результате Федеральный закон «О соглашениях о разделе продукции» 30 декабря 1995 года был подписан Президентом России, что дало возможность начать реализацию проекта «Сахалин-2».

Позже в 2000 году за большой вклад в организацию проекта Ю.К. Шафраник был награжден орденом Почета.

Формирование новых экономических отношений в топливно-энергетическом комплексе поставило вопрос о форме и механизмах управления в новых условиях.  На тот момент большинство компаний имело контрольные пакеты акций, закрепленные в федеральной собственности. Официально управление ими осуществляло Госкомимущество России, однако, не имея достаточно квалифицированных специалистов, это управление было во многом формальным.

Являясь убежденным государственником, Шафраник подготовил и внес в Правительство ряд проектов Указов Президента и постановлений Правительства Российской Федерации о передаче пакетов акций предприятий ТЭК, закрепленных в федеральной собственности, в Минтопэнерго России. Кроме того, предлагалось продлить сроки нахождения акций нефтяных компаний в федеральной собственности. Проект постановления попал в прессу, и Шафраник был обвинен в попытке остановить приватизацию и национализировать нефтяные компании. Ситуация обострилась еще больше, когда Правительство приняло схему проведения залоговых аукционов.

Шафраник выступил против. Тем не менее, залоговые аукционы прошли с «большим успехом» и ряд ведущих нефтяных компаний оказались в частных руках за очень небольшие деньги по сравнению с их реальной рыночной стоимостью.

Несмотря на активное создание нефтяных компаний, большинство из них представляли достаточно рыхлые образования в организационном плане. Необходимо было выработать и реализовать механизм их структурного, организационного и финансового укрепления. Эти задачи решал подготовленный Шафраником Указ Президента Российской Федерации от 1 апреля 1995 года, №327 «О первоочередных мерах по совершенствованию деятельности нефтяных компаний».  Данный Указ создавал условия для усиления вертикальной интеграции и совершенствования структуры нефтяных компаний, а также закреплял статус акционерных компаний «Транснефть» и «Транснефтепродукт» как основных объектов государственного регулирования в нефтяном комплексе.

Кроме того, Государственное предприятие «Роснефть» преобразовывалось в акционерное общество и наделялось особыми полномочиями Правительства Российской Федерации по доверительному управлению закрепленными в федеральной собственности акциями акционерных обществ, не вошедших в состав нефтяных компаний, и функциями генерального заказчика научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ по общеотраслевым программам, а также по реализации государственной доли углеводородов по соглашениям о разделе продукции.

Указ Президента существенно повышал и укреплял статус Министерства топлива и энергетики России, наделяя его новыми полномочиями по координации управления нефтяным комплексом. Можно без преувеличения сказать, что Указ №327 открывал новую страницу в развитии нефтяного комплекса России. То, что в России сегодня есть мощные нефтяные компании,  ̶  заслуга именно этого Указа Президента. И хотя выдвинутая Шафраником в 1995 году идея создания Национальной нефтяной компанией не была воспринята Правительством, Указ Президента России №327 по факту определял компанию «Роснефть», как Национальную нефтяную компанию, т.к. ей были переданы все необходимые полномочия.

Впоследствии пункты Указа в части дополнительных полномочий компании  «Роснефть» были отменены. По мнению Шафраника, это  отодвигает, но не снимает задачу создания ННК.

В 1996 году, после выборов Президента России, при формировании нового состава Ю.К. Шафраник не вошел в Правительство Российской Федерации.