Тюменская область  ̶  один из сложно построенных субъектов Российской Федерации. В ее состав входят два автономных округа, один из которых  ̶ Ханты-Мансийский  ̶  является лидером российской нефтедобычи, а второй  ̶ Ямало-Ненецкий  ̶  природного газа. Ю.К. Шафраник, работая генеральным директором производственного объединения «Лангепаснефтегаз», в марте 1990 года избирается депутатом Тюменского областного Совета народных депутатов, а 14 апреля 1990 года в результате альтернативных выборов из 8-ми кандидатур  ̶  председателем Тюменского областного Совета народных депутатов.

Богатейшая по запасам углеводородного сырья, Тюменская область остро нуждалась в создании механизмов стабильного формирования бюджета. Отдавая невосполнимое сырье, жители области должны быть уверены, что территория получает адекватную компенсацию для социально-экономического развития. Как профессиональный нефтяник Ю.К. Шафраник понимает, что развитие территории возможно только через принятый во всем мире механизм платности недропользования. Поэтому он с группой единомышленников разрабатывает и проводит через областной Совет народных депутатов в декабре 1990 года Концепцию развития Тюменской области, основой которой является механизм введения платности недропользования.

Активность Шафраника и его системный подход к развитию области отмечают в Правительстве и Администрации Президента. Именно поэтому одну из первых поездок в регионы после своего избрания в 1991 году президент Б.Н. Ельцин совершает в Тюменскую область. Во время своего визита он отчетливо видит, какой огромный вклад в экономику и бюджет страны вносят жители области.

Своим успехом Ю.К. Шафраник считает подготовку и подписание президентом Указа №122 «О развитии Тюменской области», в котором определены как стратегические направления: введение платности недропользования, создание вертикально-интегрированных компаний, рыночный механизм формирования цен на нефть, создание Фонда развития области и т.п. Указ оказал значительное влияние на социально-экономическое развитие области. Полученные от недропользования средства Шафраник направляет прежде всего на развитие здравоохранения (многопрофильная клиническая больница, завод лекарственных форм), повышение культуры сельского хозяйства, развитие малого и среднего бизнеса.

В соответствии с Указом Президента России органам власти Тюменской области, Ханты-Мансийского и Ямало-Ненецкого автономных округов было поручено образовать специальную структуру территориального управления  ̶  Администрацию Программы развития Тюменской области. Предполагалось, что федеральные органы власти делегируют Администрации Программы часть своих полномочий, что позволит более оперативно решать проблемы социально-экономического развития всех трех субъектов Федерации. Однако подготовленные в кратчайшие сроки нормативные документы не нашли поддержки в федеральных органах власти и Указ Президента в этой части остался не выполненным.

Определенные сложности во взаимоотношении области и автономных округов возникли во время так называемого парада суверенитетов. Снизить накал политического противостояния позволило создание (после назначения Ю.К. Шафраника в сентябре 1991 года главой администрации Тюменской области) Административного Совета, в который вошли руководители администраций и территориальных Советов. Административный совет вот уже 10 лет продолжает успешно и эффективно работать.

Для деятельности Шафраника на посту руководителя Тюменской области характерно слово «впервые». Впервые были проведены альтернативные выборы руководителя области. В эти годы в Тюмени впервые прошла международная российско-американская конференция по инвестициям в область; Тюмень установила деловые отношения с руководством земли Нижняя Саксония в ФРГ, провинции Альберта в Канаде и обменялась официальными делегациями. Фермеры юга области прошли обучение в лучших хозяйствах Голландии. Тюменская область одним из первых российских регионов подписала Договор о сотрудничестве с Европейским банком реконструкции и развития (1992 г.)